Le banc d’arguin est partiellement immergé à marée haute, la partie uniquement découverte à marée basse s’appelle l’estran, est partagé entre plusieurs occupants. Les ostréiculteurs d’abord qui y laissent grandir dans leurs parcs les huitres. Les estivants quant a eux viennent aux beaux jours profiter de ce coin de paradis. Seule une portion du banc d’arguin est intégralement protégée, cela permet à la faune et la flore de se développer en toute quiétude. Plusieurs îlots, émergés en permanence, offre un territoire idéal pour le développement d’une végétation dunaire. Cette « végétation » constitue un lieu privilégié, car sans prédateur, pour la nidification des oiseaux.

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On observe les premiers oiseaux du banc d’arguin débarquer en 1966. Il s’agit d’une colonie de sternes caugeks, des oiseaux banc avec un bec et un front noir.

La destinée du banc d’arguin, et à l’époque, de ses petits frères, les bancs du Toulinguet et du chien va changer à partir de cette date. Jusqu’à présent seuls les plaisanciers fréquentaient ces bancs de sable, mais avec l’arrivée des oiseaux en masse ces îlots vont devenir un site protégé, sous le statut de réserve naturelle. Officiellement, Classé « Réserve Naturelle » depuis 1972, du fait notamment de son intérêt ornithologique.

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L’association SEPANSO est la fédération des Sociétés pour l’Etude, la Protection et l’Aménagement de la Nature dans le Sud-Ouest gère le site du banc d’arguin et des bancs de sable voisins. Elle à pour mission de veiller à la protection du banc d’Arguin en tant écosystème notable, en tenant compte les besoins des activités économiques qui s’exercent sur ce site (la plaisance et l’ostréiculture). La gestion de la réserve naturelle nécessite de creuser les connaissances sur l’évolution de l’écosystème terrestre et marin, de faire partager aux acteurs locaux l’intérêt de la conservation des colonies d’oiseaux. L’autre role de la SEPANSO est de discuter avec les usagers des mesures à prendre annuellement pour délimiter la zone de protection intégrale et les zones d’exercice des autres activités.

La préservation du banc d’arguin passe par le respect d’une réglementation qui interdit notamment le camping, le débarquement des chiens, la cueillette des végétaux et le dérangement des oiseaux.